1、发酵烧苗

    发酵不充分的鸡粪施到地里后，当发酵条件具备时，鸡粪便开始发酵，若发酵部位距根部较近，且作物植株较小，发酵产生的热量会影响作物生长，严重时导致植株死亡。

    2、传染病虫害

    鸡粪中含有大肠杆菌、线虫等病菌和害虫，直接使用会导致病虫害的传播，作物发病，对食用农产品的人体健康也产生影响;未腐熟的鸡粪在土壤中发酵时，容易滋生病菌与虫害的发生。

    3、毒气危害

    在分解过程中产生甲烷、氨等有害气体，使土壤和作物产生酸害和根系损伤，更重要的是产生的乙烯气体有根系生长的作用，也是烧根的主要原因。

    4、土壤缺氧

    有机质在分解过程中消耗土壤中的氧气，使土壤暂时性的处于缺氧状态，会使作物生长受到。

    5、肥效缓慢

    未发酵腐熟的鸡粪中，有机肥生产线养分多为有机态或缓效态，不能被作物直接吸收利用，只有分解转化成态，才能被作物吸收利用。所以未发酵直接施用使肥效减慢。

    6、酸化果园

    土壤鸡粪是强酸性肥料，因此在果园里施用酸性鸡粪无异于"雪上加霜"，造成果树烂根、黑根、黄叶、树势早衰、黄化病，严重时导致柑桔植株死亡。

    7、重金属超标

    鸡粪中含有很高量的铜、汞、铬、镉、铅、砷等重金属，还有较多的激素残留，造成农产品重金属超标，给食品安全、柑桔产业的可持续发展埋下隐患。

    8、利用不便、效率低

    未经处理的粪便，不易运输，体积大，有效成分低，使用成本高。有机物向腐殖质转化的时间较长，养分流失严重。在鸡粪堆制发酵过程中微生物菌群以辅料为载体与鸡粪组成复杂而的微生态系统，能够快速使鸡粪发酵制成肥料或饲料。