由于不同植物残体原料和发酵条件的变化，各种微生物数量也在不断发生变化，所以植物残体发酵过程没有仟何微生物始终占据主导地位，每一个环境都有其特定的微生物种群。

　　1、细菌在好氧发酵过程中，存在着大量的细菌。细菌凭借大的比表面，可以快速吸收植物残体中可溶性物质，使其快速增长。发酵初期，温度较低，主要以嗜温细菌为主，随着发酵堆温度的提高，嗜温细菌逐渐减少，一些芽孢杆菌成为细菌的主体，在降温阶段，嗜温细菌的数量有所回升。

　　2、放线菌放线菌是多细胞菌丝的细菌，可以分解纤维素、半纤维素、木质素等。它们没有真菌分解纤维素、半纤维素、木质素的能力强，但比真菌更能耐高温和高pH，因此在发酵的高温期是降解纤维素、半纤维素、木质素的优势菌群。

　　3、真菌真菌对植物残体的发酵腐熟具有重要意义，嗜温性真菌地霉菌和嗜热性真菌烟曲霉是发酵过程的优势菌群。温度是影响真菌生长的重要因素之一，绝大部分真菌是嗜温真菌，在5～37℃的环境中存在，当温度升到64℃时，几乎所有真菌都消失。